أُنشئت كلية الطب في عام 1999 بوصفها إحدى كليات جامعة المسيرة بمدينة طبرق ثم ضمت كونها كلية فرعية الى جامعة عمر المختار .
وفي عام 2016م صدر قرار مجلس الوزراء بالحكومة الليبية رقم 62/2016 المؤرخ في 07/02/2016م بشأن استقلال جامعة طبرق التي كانت من ضمن كلياتها كلية الطب البشري.